Bundeswasserstraßen sind sowohl Verkehrswege als auch Gewässer im wasserwirtschaftlichen Sinn. Die Wasserstraßen- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes ist bislang für die Verwaltung der Bundeswasserstraßen als Verkehrswege zuständig; für die Verwaltung der Bundeswasserstraßen als Gewässer sind die Länder zuständig. Die Ziele, welche die Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) für die Oberflächengewässer bis 2027 setzt, sei an den Bundeswasserstraßen unter Beibehaltung der Aufgabenverteilung kaum möglich.
Bund und Länder seien sich einig, dass die Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie eine gesamtstaatliche Aufgabe ist, die nur im Zusammenwirken aller für Gewässer zuständigen Stellen erfolgreich bewältigt werden kann. Ziel des Gesetzes ist es daher, dass an den Bundeswasserstraßen der Bund den wasser-wirtschaftlichen Ausbau, soweit dieser zur Erreichung der Ziele der Wasserrahmenrichtlinie erforderlich ist, als Hoheitsaufgabe übernehmen soll.